Aslen İskoçyalı olan Naughtie, Keith Grammar Okulu, Aberdeen Üniversitesi ve Syracuse Üniversitesinde okudu. Gazetecilik kariyerine 1975 yılında Aberdeen Press & Journal’da başladı. 1977 yılında The Scotsman’ın Londra ofisine geçti, 1978’de de şef siyasi muhabir oldu. 1981’de The Washington Post’ta çalıştı. 1984’te katıldığı The Guardian’da ertesi yıl şef siyasi muhabir oldu.

1986 yılında radyo dünyasına geçen Naughtie, hazırlayıp sunduğu politika içerikli programlara ek olarak çeşitli belgeseller de yaptı ve İngiliz iç politikası üzerine iki kitap yazdı. BBC 4’deki Bookclub programı en çok ilgi gören programlarından biri.

Birçok sanat organizasyonu ve vakfında aktif olan Naughtie The Making of Music kitabını da kaleme aldı. Booker Price Foundation, Man Booker Prize ve Samuel Johnson Prize for Non-Fiction gibi edebiyat ödülü veren kurumlarda başkanlık ve üyelikleri var.

Temmuz Cinneti, Naughtie’nin casusluk romanı türünde yazdığı ilk kurgu kitabıdır.